大変困っています。免許の事なんですが、自動二輪免許が再試験を受験しな

大変困っています。
免許の事なんですが、自動二輪免許が再試験を受験しなかった事により、取り消しが決まっておりますが、仕事の都合上、
平日に休みを取ることが難しく、免許センターの呼び出しに応じれないでいました(２年程)。
もうすぐ免許更新なのですが、普通免許も取得しているんですけど、再試験が理由なので自動二輪免許のみ取り消しですよね？
それとも呼び出しに応じなかった事による罰などあるのでしょうか？
自分のような行政処分が未処分になっているような人の更新手続きの流れを教えてください。

更新時に処分を受けることになります。
あなたの場合は併記免許なので、そのまま更新しても影響はありません。
実務的には「普通」「普通二輪」の併記免許が更新されます。
その後「普通二輪」の再試験取消処分が施行され、再度免許を作り「普通」の単種免許が交付されます。
（免許作り直しの金銭的な負担増はありません）
または、更新手続き前に「普通二輪」免許の取消処分を受け、「普通」一本で更新することも可能です。
どちらを選択するかはあなたの選択です。時間的には変わりません。
しかし、更新に行ったら先ず「再試験取消処分」を先行した方がすっきりするかも知れません。