普通自動二輪免許のＡＴ限定免許でも普通免許（ＭＴ）取得の際の試験所

普通自動二輪免許のＡＴ限定免許でも普通免許（ＭＴ）取得の際の試験所での学科試験は免除になるのでしょうか？

第一種免許（二輪免許〜大型免許）を取得していてば、他の第一種免許を取得する時は学科試験は免除されます。
学科試験免除にはATやMTの条件はありませんし、小型二輪や普通二輪の区別もありません。すべて第一種免許と区分されるので大丈夫です。
教習所に通われるのであれば、第二段階学科を２時限の受講となります。それだけで、仮免許学科試験は免除されるので技能に集中して頑張って下さいね！

学科の条件ににトランスミッションの違いは関係ないですよ。

試験場での学科試験は免除ですよ。
自動二輪車は厳密には自動車ですし。
４輪と二輪の違いは運転方法が違うだけなので交通法規やルールは一緒です。
なので同じ試験は二回やりません。
もしこれ以降に運転免許の学科試験を受けることがあるとすれば、
免許が取り消しになって再度取得する時か、もしくは二種免許を取る時のみですよ。

二輪には無い、自動車用の学科を
2時間（だったかな？）だけ受講します。