てんかんで意識を失う発作が出ると2年間は更新ができないそうです

てんかんで意識を失う発作が出ると2年間は更新ができないそうですが、その2年間の間に更新が来てしまう場合はどうしたらいいですか？
医師の診断書は当然2年経過しないともらえないと思うので。
2年経過まで3ヶ月ほど足りないといったところです。失効になりますか？また、更新ができず失効になった場合はまた教習所で免許の取り直しになるのでしょうか。
調べても更新に関してうまく出てこなかったので教えてください。よろしくお願いします。

その場合、更新手続きに行き、質問票において過去に発作が起きたことを申告します。
診断書を提出するように指示されますので、主治医の先生に記載してもらって提出することになります。
あと3ヶ月で発作を起こさずに2年が経過するということなら、診断書のオ 「６月以内（ カ月間）に上記イ、ウ、エのいずれかになることが見込まれる」という項目の記載になるのではないかと思います。
イというのは「発作が過去２年以内に起こったことがなく、今後、（ ）年程度であれば発作が起こるおそれがないと認められる」です。
1回目の診断書を提出をした結果、一旦は免許の効力が停止されて、イと診断することが可能になった時点（3ヶ月経過後）でもう一度、診断書を提出するように指示され、2回目の診断書の記載がイであれば、停止処分が解除されます。
主治医の先生がどのように記載するかによるのですが、この可能性が一番高いと考えます。
診断書形式
https://www.police.pref.fukuoka.jp/data/open/cnt/3/14714/1/2.pdf
もしも、最初の診断書での記載がカとなった場合は、運転免許が取り消されますが、病気が理由の取り消しの場合は、取り消しから3年以内に運転適性が回復、申請をすることにより、試験免除で再取得が可能です。
過去にはこのような救済策がなく、失効させることでメリット（失効手続きができた）があったのですが、現在は取り消しを受けた人への救済策があり、失効させる必要は全くありませんので、更新手続きに必ず行ってください。

失効になります。
失効になってから3年未満であれば教習所に通う必要はありません。
https://www.jea-net.jp/epilepsy/drive

この質問ですがここで無責任な第三者に確認するよりもお近くの免許センターに電話をかけてきちんと確認した方がいいと思います。