今年初頭に免許更新に行くのを忘れ失効してしまいました。その際

今年初頭に免許更新に行くのを忘れ失効してしまいました。その際昨年に起こした交通事故によって点数がなくなり免停60日(講習で30日)を受けてからでないと免許を再発行して
もらえないらしく免停期間を経て免許を再発行しました。それから数ヶ月後信号無視で２点を引かれて二ヵ月くらいしたらまた免停通知が来ました。今度は90日です。
２回免停になったらもう一回も違反は許されないという事なんですか？

＞２回免停になったらもう一回も違反は許されないという事なんですか？
そうですね。
１点の違反ならギリギリセーフですが、
２点以上の違反で免停、５点以上で取消となりますね。
参考までに
前歴０の場合
６～８点・・・・免停３０日
９～１１点・・・免停６０日
１２～１４点・・・免停９０日
１５点～・・・・免取
前歴１の場合
４～５点・・・免停６０日
６～７点・・・免停９０日
８～９点・・・免停１２０日
１０点～・・・・免取
前歴２の場合
２点・・・免停９０日
３点・・・免停１２０日
４点・・・免停１５０日
５点～・・・・・免取

今回の免停で、前歴３ですよね？
前歴３の場合
２点・・・免停１２０日
３点・・・免停１５０日
４点～・・・免取

よって、１点の違反ならセーフですが、２点、３点の違反をしたら一発免停。
赤切符になる違反をしたら一発取消です。