運転免許証の更新にいくのですがその時の写真ですが証明写真の持参や

運転免許証の更新にいくのですがその時の写真ですが証明写真の持参や撮影の際にカラコンはナチュラルな茶色でもダメですか?

撮影の時だけ、外しましょう。他のところで、身分証明証として使用する場合、目の色が違うと、弾かれてしまう恐れがありますので。
私もメガネをかけていますが、証明写真を撮影するときには、メガネを外して撮影しています。違うメガネをかけただけで人相が変わってきますから。

外して撮ってください。
これなら心配は無いです。