自動車免許を取得後、自動車の免許を取得した県と違う県で普通自動二輪の教習所で、

自動車免許を取得後、自動車の免許を取得した県と違う県で普通自動二輪の教習所で、卒業証明書を交付された場合、学科試験は免除になり、免許の更新をするでけで普通自動二輪の免許がもらえるのでしょう
わかりにくくてゴメンなさい。よろしくお願いします。

そう言う事です。
普通車免許を持っているなら、違う県とかは関係なしに、学科試験は免除です。