去年の3月に原付免許をとり、9月に交通違反4点で初心者講習通知書が来

去年の3月に原付免許をとり、9月に交通違反4点で初心者講習通知書が来ました。そして今年の3月に車校合宿に通い普通免許を取るつもりだったので、初心者講習を受けないでいました。しかしそこで普通免許をとる
のに何か不都合なことはありますか？たとえば初心者交通を受けていないことで普通免許取得ができないとかはどうなんでしょうか？

普通免許を取得するのに何の支障もありませんし、そればかりか初心者講習を受ける必要もなくなります。
普通免許を取得した時点で、原付免許に関する初心運転者期間は終了し、従って初心者講習を受ける必要はありませんし、もし再試験の対象になっていたとしても再試験も受けなくてもよくなります。
もちろん、普通免許の初心運転者期間はスタートしますが、対象となるのは普通自動車による違反、事故のみで、下位の車種である小型特殊自動車や原付での違反、事故は関係なくなります。
但し、運転免許の取り消しや停止の基準となる「点数制度」の点数としては依然として残っており、これは免許や車種に関係なく、すべての違反や事故の点数が累積されます。あなたの場合はあと2点で免停の対象になります。但し、6点ジャストであれば違反者講習を受講することにより、免停にもならず、累積点数も0になります。
最後の違反から1年以上無事故無違反で経過すれば点数は消えますので、これからは安全運転に努めてください。