運転免許の更新をしないで失効してしまい - ６ヶ月以内に再交付を受ける場合、

運転免許の更新をしないで失効してしまい
６ヶ月以内に再交付を受ける場合、
例えば、大型自動車免許と中型免許（旧普通免許）と原付免許を
取得済みの人は大型免許だけ持っていれば
普通乗用車も原付も乗れるので大型免許だけ申請するというのは
可能でしょうか？
それとも失効する前のすべての所有区分を申請しなければならないのでしょうか？
すべてを申請するとその分、お金がたくさん掛かると思うので
実際はどうなっているのでしょうか？

「大型だけ再交付」 は可能です。
実際、そのように再交付を受け、免許に 「普通」 の記載の無い免許を見たことがあります。
再交付の際、窓口係員に 「大型だけでも支障ないし、安く済むけどどうする？」 と聞かれたそうです。
再交付の場合は免許ごと（大型、普通、原付、の３つ） ごとにお金がかかります。
当然ですが、大型だけ持っていれば普通と原付は乗ることが出来ます。

失効した場合は、｢６か月以内に再交付を受ける｣のではなく、｢失効から６か月以内であれば、適性試験及び更新時講習(期限内に更新する際に受講すべきだったもの)を受講することにより、運転免許を再取得する｣のです。
大型免許、中型免許、二種免許は下位免許(普通免許または大型特殊免許、２００７年６月１日以前に普通免許を取得された方は８トン限定中型免許)も同時に申請しなければなりません。
質問者さんの場合は、大型免許と８トン限定中型免許を申請する必要があります。原付免許に関しては上記の免許で運転出来ますから申請する必要はありません。
もし質問者さんが大型特殊免許もお持ちでしたら、大型免許と大型特殊免許を申請すればいいことになります。
但し、将来視力等により大型免許(および中型免許、けん引免許、二種免許)を更新出来なくなった場合、大型免許と８トン中型免許であれば８トン限定中型免許が残りますが、大型免許と大型特殊免許の場合は新制度の普通免許と大型特殊免許になってしまうという矛盾がありますが。

免許の基本として大型免許は普通免許が必要です。
複数有ってもベラボーに高いわけではないので、正しく申請しましょう。
都道府県が判らないので千葉の例を以下に掲載
失効後6ヶ月以内
【必要書類等】
・運転免許申請書（免許センターに用意してあります。）
・失効した免許証（紛失の場合は、身分を証明する書類が必要になります。）
・本籍の記載された住民票（コピーは不可）…1通
または、
・外国籍の方は外国人登録証明書等
※一時帰国中で住民票の取れない方の書類(PDF形式／50KB)
(1)本籍の記載された住民票の除票または戸籍謄本（パスポートも可）と戸籍の附票
(2)居住証明書(PDF形式／50KB)またはホテル（県内）の宿泊証明
一時帰国中で手続きできるのは千葉県内に一時帰国している方です。
・申請用写真…1枚
（タテ3.0cm×ヨコ2.4cm、撮影後6ヶ月以内、無帽、正面、上三分身、無背景)
・高齢者講習終了証明書（70歳以上の方）
【受験手数料】
普通一種・原付・小特 2,050円
その他の免許一種類につき 2,000円
交付手数料 2,100円
併記手数料 一種類につき 200円
講習手数料 一般講習 1,050円
初回講習 1,700円
違反講習 1,700円
高齢者講習 6,150円
手数料は何処でも変わらない筈です。
【手続き】
手続きの説明もあるので管轄の警察署HPを確認ください。
参考:千葉警察
http://www.police.pref.chiba.jp/license/lose_effect/

免許区分に関しては、先の回答と同じです。
警察、免許センターに確認されるのが確実です！
ご参考に
http://www.keishicho.metro.tokyo.jp/menkyo/sub_02.htm

区分毎に申請するわけじゃないので、手続き料金もかわりません。