大型・普通二輪・普通免許所持で普通二輪で加点され初心者講習を受けた

大型・普通二輪・普通免許所持で
普通二輪で加点され
初心者講習を受けた場合、普通二輪で講習受ける事になるんでしょうか？

普通二輪を取得したあと、大型二輪免許を取得してますよね。
（ちなみに逆は出来ません。）
その場合、大型二輪免許を取得したことにより、普通二輪免許の初心運転期間は終了しています。
ですから、いずれも取得後1年未満だとすると、大型二輪での違反と、普通自動車での違反が、それぞれの初心運転期間の対象となり、他の車種には関係しません。
下位免許である小型特殊、原付はカウントされません。
ただし、違反点数そのものは、あなたの免許に対して付く物ですから、免停などの対象としては、もちろんすべてを合計して計算します。

現役指導員です。
普通二輪の初心者期間中に、大型二輪を取得した場合は
普通二輪の初心者期間が終わり、新たに大型二輪の初心者
期間が始まっているのです。
今回は普通二輪を運転中に、違反行為があったとされるので
初心運転者講習には該当しません。
あくまでも、当該免許で当該車種（大型二輪免許で、大型二輪）を
運転していて違反行為が累計３点以上、１回３点の違反後、累計が
４点以上、事故等で４点以上に該当した場合に、初心者講習の対象です。