自分、自動車学校卒業して本試験前に車を運転してしまい捕まってしまいました。一

自分、自動車学校卒業して本試験前に車を運転してしまい捕まってしまいました。一度は無免許で切符を切られたんですがその後警察から連絡があり切符を切り直すのでもう一度
警察へ来てくださいと…で、いろいろ話聞かれて切られた切符が仮免許義務違反と言うことでした。で、後日裁判所へ出頭したのですがここでまた切符を無免許で切り直したいと…はぁ？自分がしてしまったことは悪いことですが仕事休んで横浜から栃木まできてまた後日来いと…そっちが切り直して仮免許義務違反にしたのに！って言っても『悪いとしか言いようがない』と！『検事に言われたのでしかたない』と！で、また調書作るらしく自分の出世からの経緯とかも聞くらしい…こんなことありえるんでしょうか？
これって結局無免許で処分されるんでしょうか？

仮免許では、特定の方法で「練習のため又は試験等において運転することができる」と決められています。
警察官はこれにあたると判断し、その際に必要な諸義務を怠ったとして「仮免許義務違反」で送検したのでしょうが、検察官側はおそらく「自動車学校を既に卒業し実技試験を受ける必要のない人間の場合は練習走行に当たらない、一方で通常の走行をする免許は持っていない、よって無免許」と判断したのでしょう。
しかし、判事でなく「検事に言われたのでしかたない」というのは、腑に落ちない話です。警察の報告を元に、検察官が起訴するのですから、検察官に突き返されるなら裁判より前であるべきです。それを、「とりあえず起訴したけど、あらためて考えるとおかしいよね…」というのでは、仕事としてお話になりません。
とりあえず、質問者さんの行為はたしかに無免許運転でしょうから、処分自体が覆ることはありません。
警察側の対応に不満がある点については別途、時間や交通費、その他精神的慰謝料など、民事訴訟でも起こしてお金を取るしかないでしょう（望みは薄いですが）。