今日スピード違反(3)と初心者マーク(1)をつけていなかった違反で

今日スピード違反(3)と初心者マーク(1)をつけていなかった違反で合計4点と違反金39000円になったのですが、普通は点数が大きい方だけ加点されるものじゃないんですか？2つ同時に加点ってあるんですかね

同時に行った違反については高い点数のみがつきますが、別々に行った違反は両方つきます。
あなたの場合、速度超過する以前から初心者マークをつけていない状態で運転していますので同時とは言えないのでしょう。

あるからそうなっただけ
あと、初心者講習の対象にもなりましたね。

複合技は一番点の大きいモノが対象のハズです。
ぜひ確認を。