自動車、船舶両方の運転免許が必要となる水陸両用自動車があるのにな

自動車、船舶両方の運転免許が必要となる水陸両用自動車があるのになぜ船舶の運転免許は自動車の運転免許と統合されないのですか？

勿論この最大の理由は水陸両用車は乗物全体から見れば非常にマイナーな存在であり免許制度もその存在を想定して作られていないためです。
それに加えて水陸両用車は陸上では自動車、海上では船の運転技術しか必要とせず同時に両方の技術は求められないこともその理由と考えれます。

小型船舶操縦士と自動車運転免許は免許制度も管轄している法律も異なるのでこの２つの免許を統合することはできません。

水陸両用と言っても車と船の操作を同時に複合的にしているわけでなく、陸上で車、水上で船なだけです。統合した免許など必要がありません。
あなたの統合が一枚の免許証にするということだけなら、そのうちマイナンバーカードに入るのではないでしょうかね。

最大の理由は「管轄が違う」からでしょう。そして、両方を持つ人は全体のごくごく一部であり、その人達は別にそれを不便だとは思っていないので、わざわざ統合する必要があると言う社会的認識が無いのでしょう。

自動車と船舶の運転免許が統合されない理由は、それぞれの運転に必要な知識と技術が大きく異なるからです。自動車の運転では交通ルールや車両の操作方法などを理解する必要がありますが、船舶の運転では海洋法や船舶の操作方法、海上の気象条件などを理解する必要があります。これらは専門的な知識であり、一つの免許でカバーすることは難しいと考えられています。

水陸両用自動車は、陸上と水上の両方で運転できる特殊な車両です。そのため、それぞれの運転環境に応じた知識と技能が求められます。
・自動車運転免許は、公道を走行するための交通ルールや運転技術を身につけることが目的です。
・一方、船舶運転免許は、水上での航行に関する法令や操船技術を習得することが目的です。
陸上と水上では、運転に必要な知識や技術が大きく異なるため、両方の免許を取得する必要があります。単に自動車運転免許だけでは、水上での安全な運転ができないためです。
このように、運転環境が異なるため、それぞれの免許制度が別々に存在しています。安全性を確保するために、両方の免許を取得することが義務付けられているのです。