家の近くに車検工場が有り、2年前と今年の3月に車検をしてもらいました。特

家の近くに車検工場が有り、2年前と今年の3月に車検をしてもらいました。
特に深い付き合いもなく、車検を2回してもらったくらいです。
その車を買った店でも有りません。
15年落ちの古い普通の軽自動車です。
フロントタイヤのベアリングの不具合で異音がするようになり修理をお願いしました。
ちなみに代車もだしてくれました。
先ほど電話があり「修理できました」とのこと。値段を言われなかったので「いくら用意していけばいいですか？」って言うと「無料です」と言われたので
「いやいや、見てもらって修理もしてもらって代車もだしてくれてるんだからお金発生するでしょ」って言ったら「工場からは無料と言われてますので」と言われました。
事務方の女性だったので深くは聞きませんでしたが。
車検時の見落としなのかどうかはわかりませんが、3月に車検受けて半年以上は普通に乗れてたわけだし、もう古い車なのでガタが来てたんだとは思います。
無理やりお金を払うのもおかしな話になるので3千円くらいのお菓子を持っていこうと思ってますが失礼に当たると思いますか？

全国展開のフラチャイ店は、店舗により技術力とサービスに差があります。
質問者様の行ったお店は、良心的なお店なんでしょう。
無料だったのは、前回の車検で懸念してたところだったと思います。
今後も長くお付き合いされるおつもりなら、菓子折りを持っていくのも「あり」ですね。
また、そういうお店は程度の良いクルマを見つけてくれる可能性がありますよ。
勿論、新車も全メーカー買えると思います。

どこなのか教えて欲しいですね。私も先日ミッション壊れて75万掛かった。これを無料にしてくれそうですね。

車検時 交換した部品に対しての保証かも知れませんのでよく確認をしましょう。

あくまでも、可能性の話なのですが…
その車検サービスでは、1年保証とかってありませんでしたか？
保証サービスがある場合、本来は、点検ミスがあったか、交換した部品への不具合の場合の保証ですが、もしかしたら、その対象にして、無料にしてくれたのかも知れないです。
相場で言えば、ハブベアリング１つの部品代で3000円くらいに、工賃8000円くらいかと。
他の方のアドバイス通り、ハブベアリング自体は、車検の検査対象外なのですが、間接的に、《サイドスリップ検査》に関係するので、まんざら、無関係とは言えないので、拡大解釈を使って、保証の範囲に入れて、無料修理として事務処理をしてくれた可能性です。
あくまでも、可能性ですけどね。
大手の自動車整備工場だと、次回の車検までの２年間保証とかを付帯してて（暗黙の縛りって見方も出来ますが(笑)）、格安の車検サービスと比較すると、若干、高かったりするのですが（俺の知ってるところでは、格安の車検サービスと、２万円の差があります）、その分、大抵の消耗部品は、無料だったりします。
無料の代車も、ショップによっては、距離数によっては、ガソリン代も、無料だったりします。

普通ハブベアリングの不具合だとパーツの交換になるので無料になることは無いと思います。
「ハブベアリングの不具合」というのは誰の見立てですか？
実際にはハブベアリングか違う箇所のちょっとした修正で直ってしまったとか。
町の工場なんかだとそういう時はお金を取らないとかちょいちょいあります。
私も工場でジャッキで車を上げて下回りを見てもらっても無料とか何度かあります。
なので菓子折りとかは持って行っていいと思います。
私もお世話になっている工場には有料の案件でもたまに持って行きます。
車検でハブベアリングは検査の対象外です。