原付免許を持っている場合普通二輪免許を取るとき何か優遇はありますか？

原付免許を持っている場合普通二輪免許を取るとき何か優遇はありますか？

特に優遇はありませんが、あるとすれば住民票の提出が必要ないぐらいです。

優遇は全く有りません。
しかし、原付免許取得により得た道路交通法の知識や実際に公道で原付を運転して身に付いた技量は普通二輪免許以上の上位免許取得時に役に立ちます。広い意味での優遇でしょう。

原付ＭＴの経験があって、
普通自動二輪を受けたとしたら、
ちょっと教官が優しいくらい。
⇒クラッチの説明等の手間が省けるから。

何も優遇はありません。教習時間が減るわけでもないですし、何かが免除になるわけでもないですし。
まあ、手動変速の原付（クラッチがある車とか、クラッチなしだとスーパーカブとか）に慣れている人のほうが、実技は当然ながら楽でしょうね。
というわけで、普通二輪の優遇策目当てで原付免許を取るのは無意味です。どうしても早く身分証がほしい、という場合は、小特でもいいですけど普通は原付免許でしょうし。
ちなみに、某教習所では、原付保持者が普通免許を取るとき、まったく免許のない人・小特だけの人より2100円安くなります(笑)