本免許試験の申請用写真とは、試験合格後、免許証に使う写真とは別

本免許試験の申請用写真とは、試験合格後、免許証に使う写真とは別に必要と言う事でしょうか？

別です。
高校受験や大学受験を思い出していただきたいのですが、つまりは「受験票に貼る写真」です。
（学校によってはそれが学生証に使われることもあるにはありますが）受験票の写真が学生証の写真にならないのと同じで、申請書に貼る写真が免許証の写真になるわけではありません。

別ですよ。申請書に最初に貼るんですから。