普通免許（オートマ車限定）を持っているのですが、マニュアルも運転でき

普通免許（オートマ車限定）を持っているのですが、マニュアルも運転できるようになるには
教習所でマニュアルの実地講習のみ受講すればよいのでしょうか？
それとも最初から受講し直さないといけないのでしょうか？
流れを教えていただきたいです。よろしくお願いいたします。

既に書込があるとおり、短時間の「限定解除審査」を受ければOKです。
実技4時間、学科なし、そのあと卒業検定（仮免許の内容一式と、車庫入れor縦列駐車、です）。合格したら卒業証明書を持って免許センターへ。免許証の裏面に「普通車はAT車に限るの限定解除」などと書かれます。
なお、卒業証明書の有効期間はAT免許を取ったときの1年間ではなく、3ヶ月しかないので注意。
以下蛇足…
2007年6月1日までに普通免許を取得した人の場合、法改正で、普通免許が「中型免許」に変わっています。（この際、旧普通車限定という条件がつきます。）その場合でも、AT限定解除の審査は中型トラックではなく普通車で行います。AT限定と同時に旧普通車限定も解除してマイクロバスを運転したい、という場合は、5トンダンプに9時間乗ってください。

限定解除すればOKです
教習所で、5時間ほど教習を受けて審査を受けます
修了検定のようなものです
審査に通れば、免許書き換えだけでOKかな

入校受付の人に「AT限定免許を持ってて限定解除したい」と申し出ればOKです。
4、5時間ほどの講習だけでOKで、金額は5～6万ほどです。