昨年の６月に原付で１点減点の違反をしてこれから普通免許取得しよ

昨年の６月に原付で１点減点の違反をしてこれから普通免許取得しようと教習所通ってるんですが、自動車学校に過去に違反がある事を調べられますか？

取り消し処分を受けて欠格期間中だと入校拒否などはあり得ます。まあ入学できても結局免許は取れないからむしろ入学金などを払わなくて済むので良心的な処置だと思いますけどね。
原付の違反１点位なら処分はあり得ませんし免許取得に関してもなんの障害にもなりません。また自動車学校が過去の違反を調べる事も調べる権利もありません。少なくとも自動車学校が勝手に警察に問い合わせる事は無いし問い合わせても警察の方で情報提供を拒否しますので安心してください。

欠格期間中だと教習所への入校拒否や保留があるので、調べられます。ですが、現時点でそれらが無ければ、教習所には通えます。