第二種運転免許の適性検査 - 視力（片目それぞれ0.5以上、

第二種運転免許の適性検査
視力（片目それぞれ0.5以上、かつ両目0.8以上）
色彩能力
深視力
聴力（補聴器などの使用は不可）
運動能力
とありますが運動能力は具体的に何をしますか。

法律上、"こういった症状がないこと"という基準が示されているのみで、具体的な検査法は決まっていませんので、各公安委員会の裁量次第です。
通常は、自己申告(口頭試問または書類記入)と、簡単な運動(屈伸、腕の上げ下ろし等)で問題がなければOK、という運用がされているようです。
また基準自体は、運動能力などに関しては第一種免許と同じです。
さらに、この部分で問題があるような場合は、免許取消となる「安全な運転に支障を及ぼすおそれがある身体の障害」の条件にも基本的に該当しますので、取得済みの免許も失うことになります。
つまり、第二種免許を受ける人なら既に第一種免許を保持しているわけですから、本来「落ちるはずがない」試験項目です(もちろん、二種の方が「多少は」きちんと見られるということはあるでしょうが)。

特に検査を受けた覚えがありません。
試験管が受験者の動作を注視して決定していると思われます。
事故・事件の際に、乗員は乗客を守る必要があるためと思われます。
ちなみに、私は二種免許取得後に、疾病により片マヒになりましたが、今も二種免許は取り消されていません。
ＭＴ車の操縦が難しいため、ＡＴ限定にされましたが、二種免許で自家用車を運転しています。