普通自動車免許の更新の時に、免許証を無くしていた場合前の免許証がないので

普通自動車免許の更新の時に、免許証を無くしていた場合
前の免許証がないので余計に手数料などかかりますか？

また、免許証の紛失届を出さないといけない等の事態が起こり、大きな時間、手間がかかりますか？
最後に、更新後に前の免許証が見つかった場合、本来ならどうするべきですか？
宜しくお願いします。

再交付と同時に更新手続きをする場合、費用は更新手数料のみで済みますので余分な費用はかかりません。
更新が直近でそれまでに免許証が必要でなければ、二重に費用を出して予め再交付手続きをすることもありません。（更新と同時でOKです。）
ただし、更新手続きに比べると手続きに少し時間を要しますので、早めの来場が必要です。（都道府県によっては1時間ほど受付終了時間を早めに設定してある場合もありますので、予め確認されたほうがいいでしょう。）
遺失届はご自身のために出すようなものです。
実際のところ、家の中で紛失した（所在がわからなくなった）物については、警察は管轄外となり遺失届自体が受理してもらえませんので提出は必須ではありません。
再交付手続きを伴う場合には申請用写真、身分証明書（健康保険証、パスポート）が必要になります。
更新後に古い免許証が見つかれば、返却するのが法律的には正しいです。

普通自動車免許の更新の時に、免許証を無くしていた場合、前の免許証がないので余計に手数料などかかりますか？←余分な手数料かかります。
また、免許証の紛失届を出さないといけない等の事態が起こり、大きな時間、手間がかかりますか？←紛失届けは出さないと駄目です。更新時通常最寄の警察署で更新可能ですが、紛失した場合は都道府県の免許センターまで足を運び、免許センターでの『再発行』→『更新』の流れになります。
最後に、更新後に前の免許証が見つかった場合、本来ならどうするべきですか？←更新後は前の免許証は無効なので破棄すれば良いです。若しくは最寄の警察署に返納すれば良いですよ。

まずは大至急紛失届けを出しましょう。（不正に使用されると大変なことになりますので。）
そのときに免許の更新が近いのでどのようにしたら良いかを一緒に聞けばいいアドバイスが受けられると思います。
紛失届けを出した時点でその免許証は無効になるのでもし紛失した免許証を発見した場合には速やかに警察に返納しましょう。