自分は今普通化高校に通っていますが、原付とか普通二輪の免許取っちゃう

自分は今普通化高校に通っていますが、原付とか普通二輪の免許取っちゃうと学校にばれたら停学とか退学になるという話は良く聞きますが、特殊小型船舶いわゆる水上バイクの免許は大丈夫なのでしょうか？

バイクの免許にうるさい学校は管轄の免許センターに問い合わせるんでしょう。船舶免許は公安の免許センターとは違って、合同庁舎内の国土交通省運輸部が発行します。そんなところへ免許取得の確認をしにいく学校や先生なんてまずいないでしょう。黙って取りにいけばいいです。学校の方針でもそんなの決めてない事が多いです。わざわざ先生に聞いたら、厳しい先生や生徒指導担当なら、もしあなたが水上バイクで事故ったら先生の責任にも成り得るので「危ないからダメ」と言われる確率が高いです。優しい先生なら「うちの学校では禁止はしてない」などとお茶を濁して黙認してくれるでしょう。
昔は漁師町なら中学校を出たら、高校に行こうが行くまいが、すぐ小型船舶免許を取るのが当たり前でした。だから学校が漁で盛んな町にあるならば普通科だろうと禁止されないでしょう。

この質問をよく聞きますが、
在学中に免許を取得できる高校もあります。
なぜ、調べて高校を選択しなかったの。

ここで聞くより学校に聞くのが間違いありません。

県の条例によりますが、おそらく駄目でしょうね。