車の普通免許を取得する時、AT(オートマ)とMT(マニュアル)で、

車の普通免許を取得する時、AT(オートマ)とMT(マニュアル)で、料金は変わってくるのですか？？どっちが料金高いですか？？

MTの方が高いです。MTは肉体系の仕事でトラック乗るとか、旧車とか名車のスポーツカー(スカイラインGT-Rとか)で走るのが好きな人が取ります。あと、海外でレンタカーを借りるとアメリカは日本と同じくATがほぼ全てですが、いまだに例えばヨーロッパだとMT車がめっちゃ多いです。
そのあたりを考えて以上のことに自分は当てはまらないと考えるのであればAT限定でいけます。費用も安く、教習時間も短いです。

教習の時間数で料金決まるのでは？

マニュアルの方が高いです。

日本にはMT（マニュアル）の免許なんてものはありません。 有るのは普通の免許と、オートマしか乗れないAT限定の免許です。
AT限定免許は教習時間が短くなるのでその分、自動車学校に払う基本の料金は安くなります。普通の免許に対しATしか乗れない免許は約3〜5％ほど安いです。（自動車学校により、料金に違いがあります。）

現在はＭＴの方が高いです

MT(マニュアル)の方が技能教習時間が3時限多いので約1万3千円～2万円高くなります。
※技能教習は1時限、約4500円～6500円(教習所によって違いあり)