自動車の免許をポケットに入れていて、グチャグチャになってしま

自動車の免許をポケットに入れていて、グチャグチャになってしまいました。再発行したら、番号は変わってしまいますか？また、AT限定解除をしたんですが、裏にはんこを押されるのではなく、表の文字はきえますか？

免許証の再交付の場合、通常は、免許証番号（１２ケタ）の末尾が一つづつ増えていきます。（最初はみんな０のはず）
ただし、免許証番号の末尾が変わるのは、盗難・紛失などの、現物がない場合。
現物があって汚損などで交換再交付する場合は、免許証番号は変わりません。
今、AT限定の文字があって「限定解除」の裏書されている状態であれば、新たに再交付される免許証は、AT限定の文字は消えます。

グチャグチャ？ですか？
そんな事にはならない代物ですがね、、
免許証、見た事ありますか？

今まで再交付が一度もないのであれば、免許証番号の末尾は『0』の筈です。他の方も回答されていますが、1回目の再交付の場合は末尾番号は『1』となります。
ＡＴ限定解除は現在裏書された状態と言うことですよね？それであれば再交付された免許書は裏書はなくなり、変更部分は全て表に反映されます。例えば、引越しして住民票、本籍が変わった、新たに自動2輪や大型の免許を取得した、結婚して名字が変わった等が該当します。

再交付だと末尾の一ケタが一つ増えます。
新しい種類の免許を取らない限り、変更モノは裏に書き足されますよ。