フィリピンで運転免許証を取得 - 現在日本に在住のフィリピン人←配

フィリピンで運転免許証を取得
現在 日本に在住のフィリピン人←配偶者日本人 が 運転免許を取得したい場合どちらの方法が安いですか？
フィリピン人は 「フィリピンで一週間で取得できるから フィリピンが安い！」と言っていますが、ネットなどで調べる限り 新規に免許を取得するとなると 取得した国に三か月以上滞在するように法改正があり それを経てからでないと日本国内で国際免許証交付にはならないし 一年更新で一年後にフィリピンにまた渡航しなければならないと 解釈していますが 違っていますか？
免許取得の費用や言語の違いで 自国で取得したほうが安いと思うフィリピン人ですが、どう考えても渡航費と滞在費はそれなりにかかるので 日本で取得した方がいいと思うのは 間違いですか？補足ちなみに 過去に運転免許←フィリピンの免許証はもっていたものの 更新はせずに無効になったと思われますが、これも他の回答者さんの過去のご意見を見ると 罰金を支払えば日本と違い更新出来るともありますが 本当でしょうか？だとしたら三か月以上の滞在は必要ないということですか？

私の意見としてもカテマスの delmonta_iijima さんと同じく「日本の教習所で取得される事をお勧めします。」です。
質問者さんも色々と調べられたようですが若干誤解されている箇所があるように見受けられます。
①まず日本で使用できる「ジュネーブ条約に基づく国際運転免許証」ですが、これは基になる外国免許を受けた国でないと入手できません。質問にある「日本国内で国際免許証交付‥」は間違いです。
②次にこれを日本で使用すための要件としては下記の２つが挙げられます。
１）：日本国内に於いて免許停止や免許失効に伴う欠格期間などの行政処分中でないこと。
２）：日本国内に居住する者（住民票を持つ日本人や外国人登録済みの外国人）は、出国から連続して３ヶ月以上経過してからの帰国・再上陸した日を起算日とした１年間を使用可能期限とする。（この場合の外国に於ける滞在は免許取得国である必要はありません。）
1年を過ぎても運転したい場合は、再度３ヶ月以上連続して日本を離れてから帰国する必要があります。（毎年毎年）
従って、国際運転免許証で運転し続けることは殆んど現実的でありませんので、ご自分でも述べられていますが日本の国内免許を取得する必要があります。
国内免許取得にも２通りの方法があり、日本人と同じく自動車教習所を卒業して免許試験場で学科試験を受ける事と、外国免許からの切替交付（外免切替）による方法があります。
外免切替の場合の要件は「切替時に於いて免許証が有効期限内である事」と「免許取得後に取得国に通算３ヶ月以上滞在している事」の２つが求められます。
外免切替の方が簡単なのですが、国によっては偽造免許や不正取得の疑いが避けられないために免許センターで申請の受付を拒否される場合があり、フィリピン免許の場合は残念ながら殆んどのかたが拒否されているのが現状の様です。
更にフィリピン免許証には「有効期限」欄はあっても「免許交付年月日」欄がなく、日本やアメリカの様に「運転免許経歴証明書」に該当する書類が存在しないため、最初の交付の時の「交付手数料の領収書」を保存しておかないと「免許取得年月日」は不明のため書類不備となります。
この様な諸々の事情によりフィリピン免許からの切替はハードルが高すぎると思われますので、最初に戻りますが「日本の教習所で取得される事をお勧めします。」となります。
日本人の配偶者として日本に住む以上、日本語の上達は避けては通れないハードルです。覚悟を決めて日本で教習所に通われた方が良いと思いますし、私の周りでもフィリピンの方やインドネシアの方（共に日本人の配偶者です）が努力の末に日本語で教習所を卒業されて運転免許を取得されている方が多くいらっしゃいます。
尚、raysam34 さんの示されたリンクの上の方「フィリピン国際免許による日本国内での運転について（在日フィリピン人向け）」を覘いてみましたが、国際運転免許証の「海外出国連続３ヶ月以上」の要件を、外免切替の「取得後に通算３ヶ月以上滞在」とに誤解されてゴッチャになっています。
参考にされる場合はその点を注意してみてください。
以上、ご参考になれば幸いです。

未熟な運転技術なうえに保険にも入らないだろうから運転させないでください。
高い安いとかの前に凶器になりうるものを扱うという意識改革から始めましょう。

法改正は関係なく以前から同じシステムですよ。
以前、日本で免許を失効し、フィリピン滞在期間中フィリピン国の運転免許証を取得した後、日本に戻り免許欠格期間後日本の免許証の切り替えをしました。
フィリピン国LTOから仮運転免許（約３０日間）交付後、本免許の交付がありそれからの３ヶ月になるので４ヶ月の滞在は必要です。
免許切り替えにはパスポートで滞在期間を証明する為に必要です。

私も日本の教習所でとることをお勧めします。
言葉の壁（特に漢字の読み書き）のせいで学科試験が不安であれば、ふりがなつきの試験問題がありますので、受験時に申し出てください。

先ずフィリピン人が国際免許をフィリピンで取得し、日本で運転できるか？に
ついては下記のサイトで詳しく紹介されています。
「フィリピン国際免許による日本国内での運転について（在日フィリピン人向け）」
の項目をご覧下さい。
http://www.geocities.jp/cavite_jp/html/license.htm
次に仮に上記の内容に問題なければ日本でもフィリピンの国際免許で運転できる
ようがですが、これを日本の免許に書き換えるには、フィリピンの免許の場合
学科試験も実地試験もあり、簡単ではないようです。
フィリピン人の知人や友人も5回試験を受けた！とかかなり難しいようです。
詳しくは下記サイトをご覧下さい。
http://gaimen.net/gaimen/naiyou.htm
「過去に運転免許証」を取得されているようですが、フィリピンの場合
LTO（Land Transportation Office＝日本で言う免許センターと陸運局が1つに
なったような公的機関）のサイトで、免許証の有効期限が1日から1年まで
過ぎている場合で75ペソ、1年以上2年までが150ペソ、2年以上が225ペソの
罰金がかかるようですが、更新できるようです。
しかしやはり日本とフィリピンの道路事情にも違いがありますし、運転マナーも
違うと思いますので、日本の教習所に通って取得された方が安全では？と
思います。しかも国際免許証で運転されていても、更新になるとまた3ヶ月以上
フィリピンに滞在しなくてはその国際免許証も有効にはならないようです。
毎年3ヶ月！フィリピンで滞在！航空運賃も大変ですよね？
運転が上手く日本の免許証に書き換えることが出来れば良いのですが・・・
【補足】について
先ずpayaa_naakさんのご指摘通り「継続して3ヶ月以上滞在しなければなりません」
なかなか詳しく書かれているサイトだと思ったのですが、読み落としていました。
よって前述の罰金を支払って運転免許証をフィリピンにて更新、そして国際免許を
取得されたとしても、同様に3ヶ月以上滞在しなければならないようです。
下記サイトで紹介されています。
http://www.npa.go.jp/annai/license_renewal/HP3monthpicture.pdf
(2)または(3）に該当すると思います。