免許のうっかり失効の更新の詳細が記してある県のホームページに

免許のうっかり失効の更新の詳細が記してある県のホームページに1種目につき~~円の手数料とありますが、普通自動車の免許更新の際は、原付もあるため必然的に2倍の金額かかるのでしょうか？

失効させてしまったら更新はできません。
失効手続きによる「再取得」となります。手続き自体は更新とおなじような感じですが、形式上は「試験を受けて免許を取る」ということになります。
だから、1免種ごとに「受験料」が発生してしまいます。
よって、2免種分の「受験料」となります。
原付はいらないよということであれば、普通自動車免許の受験料だけです。

２倍かかる。
質問者様と同様の方が多く、原付を辞退して普通免許のみ再交付申請をする事が多い。

失効した免許証はもう更新できませんよ・・・再取得できますが・・・