日本の自動車税は、1000CC未満、1500cc未満といったように、

日本の自動車税は、1000CC未満、1500cc未満といったように、500CC刻みです。
ゆえに、998CCと言ったように自動車税の区分ギリギリで排気量を設定する自動車メーカが多い中、1600CC、1300CC、2200CCといったように自動車税区分ギリギリの排気量にしない車も存在します。
それには理由があるのですか？

外国の税金制度も関係していると思います。
すべての国が 500 cc 刻みの税金ではないと思います。
そのため、外国で売りやすい排気量に合わせることもあると思います。

海外だと200cc刻みだったりするから

1600ccは1気筒あたり、400cc前後が理想とされていたようです。1000cc車と1300cc車では実用面でかなり差があるんじゃないでしょうか！？2200ccは良くわかりませんが、近年のターボ技術なら、2000ccで賄えるように思えます。2000cc車の特別仕様車で2100ccにすることによって、3ナンバーになるモデルもあったようです。