本面の学科試験を受ける時に指示があったにも関わらずスマホなどの電源を消し

本面の学科試験を受ける時に指示があったにも関わらずスマホなどの電源を消し忘れてリュック等になおしてた場合は問題ですか？

問題ですが、それが原因で不合格になることはないでしょう。

運転中なら危険行為ですが、そういうときは音がうるさくても学科に集中すれば、と思いますが、試験室では多くの受験者がいるので、迷惑行為です。
その試験が学科試験なのであれば、警察官が不正行為としても不思議ではありません。