こんど大学4年で初免許を取ったあと、地元に帰るんで県が変わります

こんど大学4年で初免許を取ったあと、地元に帰るんで県が変わります。
安全協会って次回誕生日までの3年分請求されると思うのですが、当地に確実にいる1年分だけの支払いにすることって出来ますか？

はい、安全協会の会費は居住する都道府県ごとに支払う必要があります。
大学を卒業後に地元の県に転居する場合、転居先の県の安全協会に新たに入会し、その県の会費を支払う必要があります。その際、現在加入している安全協会への支払いは転居時までの期間分のみで構いません。
つまり、大学所在地の県の安全協会への支払いは転居時までの1年分のみで済み、転居先の県の安全協会に新たに入会し、その県の会費を支払えば問題ありません。安全協会への支払いは居住する県ごとに行うため、重複して3年分を請求されることはありません。